Het Nationaal Agentschap is verantwoordelijk voor de uitvoering van vier initiatieven van de Europese Unie in Nederland: de subsidieprogramma's Erasmus+ Jeugd, Erasmus+ Sport en het European Solidarity Corps en het jongereninformatienetwerk GO Europe (Eurodesk Nederland).
Het European Solidarity Corps en Erasmus+ Jeugd zijn subsidieprogramma's waarbij jongeren en jongerenwerkers de kans krijgen zich via een Nederlandse of internationale ervaring te ontwikkelen en iets goeds te doen voor een ander. Erasmus+ Sport is een nieuw subsidieprogramma en heeft als doel om de kennis van breedtesportorganisaties te vergroten. GO Europe is onderdeel van het Europese onafhankelijke netwerk Eurodesk, dat jongeren informeert over de mogelijkheden die Europa hen biedt om ervaring op te doen.
Het Nationaal Agentschap is ondergebracht bij het Nederlands Jeugdinstituut (NJi).